Przed święceniami diakonatu, w marcu 1861 r., postanowił: "W każdy poniedziałek odprawię Mszę św. ku czci Ducha Świętego, który jest życiem i mocą mojego ducha. Jemu poświęcam moje studia i naukę" . Od tego momentu widoczne jest jego zainteresowanie się Osobą Ducha Świętego. W okresie pracy na rzecz Apostolstwa Modlitwy, zainteresowanie to rośnie i pogłębia się.

Serce Jezusa, które św. Małgorzacie Marii Alacoque objawiło ogrom swej miłości, ks. Janssen traktuje m.in. jako naczynie Ducha Świętego (1872), mimo że w objawieniach nie ma mowy o Trzeciej Osobie. Co więcej jego duchowość nabiera "orientacji trynitarnej": Trzy Osoby Boskie nie są od siebie izolowane, ale powiązane ścisłymi relacjami osobowymi. Wynika to z artykułu zamieszczonego w czercowym numerze "Małego Posłańca Serca Jezusowego" z 1874 r. Wywody tam przedstawione brzmią jak pewnik:

Ponieważ Jego serce jest siedzibą duszy, a Bóstwo Jezusa zjednoczone jest z Jego człowieczeństwem, dlatego Serce to jest równocześnie mieszkaniem drugiej Osoby Boskiej. Ale nie tylko drugiej.
Ściślejsze od zjednoczenia Bóstwa z Człowieczeństwem Jezusa jest zjednoczenie Osób Trójcy Przenajświętszej między sobą. Dlatego Ojciec jest nierozdzielny od Syna i Ducha Świętego, i tam gdziej jest Syn, tam jest też Ojciec i Duch Święty, mimo że tylko Syn zjednoczony jest w jednej Osobie z Człowieczeństwem Jezusa.
A więc w Sercu Jezusa mieszka cała Trójca Święta,wszechmoc Boga Ojca, piękno i mądrość Słowa Bożego oraz pelna oddania miłość i bogactwo Ducha Świętego. Mieszkają tam w ludzkim Sercu. Co za wielki cud!

Jako miłośnik nauk przyrodniczych porównuje też Słowo Wcielone, a także Serce Jezusa do słońca:

"Popatrzmy na słońce. Skupia ono w sobie pełnię światła i ciepła. Jednak nie zatrzymuje ich dla siebie, ale obdziela nimi wszystkie przestrzenie, i to po wsze czasy. Od niego pochodzi wszelkie życie na ziemi. Bez słońca ziemia byłaby wielką bryłą lodu. Jest to o b r a z Serca Jezusowego. Zawiera Ono w sobie łaskę Bożą, oświecającą rozum i zagrzewającą wolę. I zawiera ją w takiej ilości, że może nią, podobnie jak słońce, obdzielić wszystkich, bez jakiegokolwiek uszczerbku dla siebie".

Ks. Jansssen wie, że Serce Jezusa, druga Osoba w Bóstwie, jest kamieniem milowym wszystkich czasów: jedynym pośrednikiem, drogą do nieba i słońcem łaski. Ale nie przesłania mu to funkcji Ducha Świętego w dziele zbawienia:

Oczywiście, że dawcą darów jest Duch Święty, ale jest On tym, który z Bóstwem Jezusa, tj. ze Słowem Bożym, jest nierozerwalnie zjednoczony. Skutkiem tego zjednoczenia napełnił On duszę Jezusa od pierwszej chwili jej istnienia łaską uświęcającą i pełnią wszystkich łask. Stąd wyłania się On z duszy Jezusa - ze względu na Jezusa - i dociera do ludzi, oczyszcza ich, uświęca i ożywia.

Dlatego w uniesieniu woła:

"Wychwalamy c a ł ą Trójcę Świętą, zwłaszcza jednak ową błogosławioną Trzecią Osobę, dzięki której - według sposobu mówienia świętych - wielki Bóg składa nam pocałunek miłości stwórczej, ojcowskiej, ba, oblubieńczej, udzielając się nam całkowicie w łasce uświęcającej. To zjednoczenie jest wielkie, i ma swój prawzór w zjednoczeniu drugiej Osoby Boskiej z Człowieczeństwem Jezusa [...]. Dlatego czcimy i miłujemy przede wszystkim Ducha Świętego. Czcimy i miłujemy Go zwłaszcza w Sercu Jezusa, za pośrednictwem którego [Serca] otrzymaliśmy Go".

Po spotkaniu z ks. Meditsem cześć Ducha Świętego się intensyfikuje. Zgodnie z sugestią tego ostatniego do modlitw kwadransowych wprowadza wezwanie: "Ześlij nam od Ojca Ducha Świętego". Konstytucje z 1885 r. przynoszą około 150 wzmianek odnośnie Ducha Świętego, który nazwany został Ojcem Zgromadzenia. - 3. października 1887 r.

Arnold Janssen poświęca Mu się w kościele łazarzystów w Wiedniu. - Do "Małego Posłańca" dołącza dodatek pt. "Komm, Heiliger Geist, hernieder!". W nim, po ukazaniu się encykliki papieża Leona XIII o Duchu Świętym, zamieszcza dłuższe wywody na Jego temat, które o. P. McHugh określa jako "solidną teologię" .
Tak więc w duchowości Założyciela Tajemnica Trójcy Świętej była prawdą, którą żył, wokół której obracały się jego myśli, i dla której biło jego serce.